چنانچه در پروندهٔ قاچاق، انتساب بزه به متهم اثبات نشود، دادگاه حکم برائت صادر می‌کند. آثار و تبعات اصلی آن به شرح زیر است:
رفع اثر کیفری و اداری نسبت به شخص: آزادی فوری (در صورت بازداشت بابت همان اتهام)، الغای قرارهای تأمین، مختومه‌شدن تعقیب، عدم درج محکومیت و استرداد وثیقه/وجه‌الکفاله و جرایم نقدی مأخوذ.
تعیین تکلیف کالا و وسایل حمل:
اگر کالا ذاتاً ممنوع باشد (از نوعی که نگهداری/توزیع آن قانوناً ممنوع است)، حکم برائتِ شخص مانع ضبط و امحا/استردادناپذیری کالا نمی‌شود و دادگاه یا مرجع ذی‌صلاح دستور ضبط قانونی را صادر می‌کند.
اگر کالا مجاز یا مجازِ مشروط باشد و مالکیت/مشروعیت منبع ورود آن ثابت گردد، اصل بر رفع توقیف و استرداد است؛ عندالاقتضاء با انجام تشریفات قانونی (پرداخت حقوق ورودی، عوارض، انبارداری یا ارائهٔ مجوزهای لازم).
اگر اصل قاچاق بودنِ کالا محرز ولی انتساب به متهم منتفی باشد و مالک قانونی معلوم نشود، کالا طبق مقررات خاص قاچاق ممکن است به نفع دولت ضبط شود، هرچند شخص تبرئه می‌گردد.
جبران خسارت: شخص تبرئه‌شده می‌تواند مطابق مقررات آیین دادرسی کیفری، در صورت بازداشت یا ورود زیان، جبران خسارت را مطالبه کند.
الزام به تصریح در رأی: دادگاه مکلف است ضمن صدور برائت، به استناد قوانین حاکم (از جمله قواعد عام تعیین تکلیف اموال ناشی از جرم) تکلیف کالا، وسیلهٔ نقلیه و عواید احتمالی را به‌صراحت تعیین کند تا اجرای احکام وفق آن اقدام نماید.
