اجرای شلاق حدی تنها پس از صدور حکم کیفری قطعی از سوی مرجع صالح قضایی و در چارچوب مقررات شرعی و قوانین موضوعه صورت میگیرد. آییننامهها و قانون مجازات اسلامی مسیر و حدود اجرای این گونه احکام را تعیین کردهاند؛ از جمله شرط اثبات جرم مطابق ضوابط شرعی، صدور حکم قطعی، و صدور دستور اجرایی توسط مقام قضایی.
قانون و آییننامه اجرای احکام، همچنین ایجاب میکنند که قبل از اجرا ملاحظات حفاظتی و پزشکی مورد بررسی قرار گیرد؛ در صورت وجود مانع پزشکی یا احتمال خطر جانی/نقص عضو، تبدیل یا تعویض مجازات (بر اساس مقررات مربوط) بررسی میشود و اجرای حکم صرفاً توسط مأموران و مراجع مجاز و با نظارت قضایی انجام میپذیرد. علاوه بر این، محکوم میتواند از راههای قانونی مانند فرجامخواهی، تجدیدنظر یا درخواست معاینات پزشکی قانونی استفاده کند.
یک نکته مهم حقوقی اینکه نحوه و حدود اجرای شلاق حدی از شلاق تعزیری متفاوت است: در مجازاتهای حدی مقدار و شرایط اجرای مجازات از منابع شرعی و قوانین تبعیت میکند و قاضی در تغییر مقدار آن اختیاری ندارد؛ اما تمام جوانب اجرای حکم باید مطابق مقررات رسمی و تحت ضوابط قضایی و پزشکی باشد.