رسیدگی به جرم مزاحمت تلفنی بسته به نوع و بستر ارتکاب جرم، بر عهده مراجع مختلف انتظامی و قضایی است و به طور کلی دو نهاد اصلی در این زمینه صلاحیت دارند:
پلیس فتا (پلیس فضای تولید و تبادل اطلاعات): در صورتی که مزاحمت از طریق شبکههای اجتماعی، پیامرسانها، تماس اینترنتی، پیامک تهدیدآمیز یا محتواهای چندرسانهای انجام شود، موضوع در حوزه جرایم رایانهای قرار گرفته و پلیس فتا مسئول بررسی تخصصی آن است. پلیس فتا با بررسی دادههای الکترونیکی، IP، و سوابق مخابراتی، منشأ مزاحمت را شناسایی کرده و نتیجه را به دادسرا اعلام میکند.
**مراجع انتظامی عمومی (کلانتریها) و شرکت مخابرات: اگر مزاحمت بهصورت تماس تلفنی معمولی انجام شده باشد، رسیدگی اولیه بر عهده کلانتری محل سکونت شاکی است. این مرجع پس از ثبت شکایت، پرونده را برای استعلام از مخابرات و سپس دادسرای عمومی و انقلاب ارسال میکند.
به طور کلی، پلیس فتا فقط در موارد الکترونیکی و اینترنتی دخالت میکند، اما در تماسهای عادی، مراجع انتظامی و مخابرات نقش اصلی در پیگیری دارند. نهایتاً تصمیم نهایی در خصوص مجازات و اثبات جرم، با دادسرا و دادگاه صالح خواهد بود.