بر پایه مواد ۲۹۰ تا ۲۹۴ «قانون آیین دادرسی مدنی» و ماده ۱۱۹ «قانون آیین دادرسی کیفری»، مهم‌ترین مشکلات نیابت قضایی چنین است:
-
محدودیت‌های ماهوی و صلاحیتی: نیابت فقط برای اقداماتی است که «مباشرت دادگاه شرط نباشد» و باید به «دادگاهِ صالحِ محل» سپرده شود؛ در غیر این صورت، اقدامِ انجام‌شده معتبر نیست.
-
عدم قطعیت در اعتبار نتایج نیابت خارجی: ترتیب اثر به تحقیقات انجام‌شده در خارج از کشور موکول به «وثوق دادگاه ایران» است و اگر مرجع خارجی خلاف دستور عمل کند، اعتبار نتیجه «منوط به نظر دادگاه» خواهد بود؛ این امر می‌تواند به بی‌اعتباری یا تکرار تحقیقات بینجامد.
-
تعارض تشریفات و قیود نظم عمومی: اصل بر اجرای نیابت طبق حقوق ایران است؛ اجرای ترتیبات خواسته‌شده از سوی دادگاه خارجی فقط با «معامله‌به‌مثل» و مادام که مخالف موازین اسلام، نظم عمومی و اخلاق حسنه نباشد پذیرفتنی است؛ این قیود در عمل سبب رد یا تحدید نیابت می‌شود.
-
پیچیدگی ابلاغ و رسمیت اسناد در خارج: چون ایران در فهرست طرف‌های «کنوانسیون ۱۹۶۵ ابلاغ اوراق قضایی» و نیز در فهرست جاری طرف‌های «کنوانسیون ۱۹۶۱ آپوستیل» درج نشده است، ابلاغ و اعتباربخشی اسناد غالباً باید از مسیرهای کنسولی/دیپلماتیک و با تشریفات ترجمه و تصدیق انجام شود که زمان‌بر و پرهزینه است.
-
ابهام در قرار نیابت کیفری و الزامات شکلی: در امور کیفری، بازپرس باید «با صدور قرار نیابت و تصریح موارد» و ارسال اوراقِ لازم اقدام کند؛ نقص در تعیین موضوع، محل، اشخاص یا عدم ارسال مدارک، موجب ردّ یا تأخیر در اجرای نیابت می‌شود.
-
هزینه‌ها و اطاله دادرسی در اجرای بین‌المللی: اتکا به نمایندگی‌های کنسولی برای ابلاغ و همکاری قضایی، تعدد مکاتبات و تشریفاتِ داخلی کشور مقصد، عملاً به افزایش هزینه و طولانی‌شدن فرایند می‌انجامد.
جمع‌بندی: نیابت قضایی ابزار ضروریِ همکاری قضایی است، اما به‌سبب قیود مواد ۲۹۰ تا ۲۹۴ ق.آ.د.م (شرط مباشرت‌نداشتن، وثوق دادگاه، رعایت حقوق ایران، معامله‌به‌مثل و نظم عمومی) و الزامات ماده ۱۱۹ ق.آ.د.ک (قرار نیابتِ صریح و ارسال اوراق)، به‌ویژه در بعد فرامرزی با ریسک تأخیر، افزایش هزینه و عدم‌اعتبار نتایج مواجه است.